En 1857, los liberales mexicanos lograron hacer la primera Constitución que superó la intolerancia religiosa, pero la Iglesia condenó a la Constitución, excomulgó a quien la jurara y patrocinó el levantamiento armado. Esto llevó al gobierno constitucional a pasar de la secularización de los bienes del clero a su nacionalización. Se desencadenó la guerra civil de tres años y en la parte más cruenta de la misma, el 7 de julio de 1859, desde Veracruz, el gobierno constitucional decretó la legislación que consumó la Reforma liberal. Se nacionalizaron los bienes del clero y suprimieron las corporaciones eclesiásticas de acuerdo con el principio de que la libertad es irrenunciable.
La culminación del proceso de secularización del Estado y de la sociedad se dio al dictarse la libertad de creencias, en diciembre de 1860. Se hizo explícito este derecho esencial que había quedado implícito en la Constitución del 57. Suprimiéndose las supervivencias del viejo régimen, el Estado mexicano dejó de ser confesional y se estableció un Estado laico, con la separación de los asuntos políticos de los religiosos; desapareció el Estado estamental y surgió una sociedad civil.
El mayor legado de la generación más brillante que ha tenido México en su historia fue la reforma liberal con la creación del Estado laico. Legado que hay que preservar porque sin laicidad no hay democracia ni paz social posible. Es por ello por lo que en el sesquicentenario de las Leyes de Reforma se ha planteado reformar la Constitución para subrayar que México es un Estado laico, y para modificar el concepto decimonónico de libertad de cultos por el concepto del siglo XXI de libertad de convicciones éticas y filosóficas.