La Conquista, catástrofe de los pueblos originarios es un nuevo enfoque de la conquista y la fundación de lo que fue la Nueva España. La considera parte de la historia universal en sus causas y efectos. El primer tomo del libro está dedicado a la presentación de los cuatro grandes actores del drama: los amerindios en sus sociedades comunales de parentesco, sus jefaturas y sus formaciones tributarias; los europeos del capitalismo mercantil, comerciantes, prestamistas y corsarios; los españoles recién salidos de la Reconquista, conquistadores, frailes, funcionarios y colonos, así como los africanos que llegaron, a su pesar y en condición de esclavos, para tomar parte en la fundación de la nueva sociedad. Cada uno de ellos dejó una profunda marca en el proceso, aun cuando los pueblos originarios fueron siempre mayoría. El segundo tomo está dedicado a la historia de la conquista propiamente dicha, no solamente como se ha acostumbrado en el pasado, en la conquista del imperio mexica, sino de todo el territorio y la población de lo que fue la Nueva España y luego el México independiente: El Anáhuac con su centro vital en Tenochtitlan; el Gran Septentrión, tierra de los guerreros chichimecas y el Sur-Sureste sede de mayas, zapotecas y mixtecos que presentaron una resistencia pertinaz a la invasión. De esa mirada surge la imagen de una conquista sin fin, con rasgos y duraciones muy diferentes en el Centro, el Norte y el Sur. La forma que tomó la conquista de la Nueva España determinó la extinción de muchos pueblos originarios. Guerras mortíferas, epidemias mortales, formas de explotación extremas y aniquilamiento de culturas y religiones que aún marcan a nuestra sociedad actual.

La guerra que entre 1926 y 1929 —y en menor escala entre 1934 y 1938—enfrentó a miles de campesinos con un gobierno que se asumía como producto de la triunfante Revolución Mexicana estuvo durante largas décadas bajo el manto del tabú. La composición social de quienes la pelearon, el ánimo jacobino — apenas reprimido— de algunos generales revolucionarios, la hostilidad entre el nuevo Estado mexicano y el Vaticano hicieron que ese largo y cruento episodio de nuestra historia se estudiara poco, casi a hurtadillas, hasta que a comienzos de los años setenta se publicó La Cristiada, libro señero por su método, su profundidad y su empatía con los vencidos. Durante siete años, Jean Meyer hurgó en archivos, realizó encuestas y registró conversaciones con muchos sobrevivientes de este choque fratricida: fruto de esa dedicación es el libro que hoy, cuarenta años después de su primera edición, publica Siglo XXI Editores. En esta historia política y diplomática México, Washington y Roma ocupan el primer plano, con la Iglesia mexicana enfrentada al Estado nacional y al Vaticano, en un conflicto en que el petróleo no anda lejos del agua bendita y en el que resuenan la reforma agraria y las ideas de vanguardia del gobierno. La obra de Meyer está tejida de narración y análisis, de historia militar, económica y sociológica, y es a la vez un ambicioso intento de interpretación, un discurso sobre otros discursos: el de Calles —que no es el de Obregón—, el de la Santa Sede —que no es el de la Liga Nacional Defensora de la Libertad Religiosa ni el del arzobispo de México—, el de los estadounidenses. Este segundo volumen arranca con una historia política de la iglesia católica en México, desde su llegada al lado de los conquistadores hasta los conflictos con los victoriosos revolucionarios, influidos por la masonería y el anticlericalismo. El autor explica con detalla la génesis de una ruptura entre el Estado y miles de creyentes que provocaría desolación y muerte durante un trienio, así como las negociaciones y los frágiles equilibrios que permitieron inventar la tensa convivencia que se parecería a la paz. Tiene razón Jean Meyer: "a la Cristiada se la puede leer como la Ilíada". quien se asome a estas páginas "no dejará de probar una emoción profunda al leer cada uno de los episodios de esa epopeya".