La Conquista, catástrofe de los pueblos originarios es un nuevo enfoque de la conquista y la fundación de lo que fue la Nueva España. La considera parte de la historia universal en sus causas y efectos. El primer tomo del libro está dedicado a la presentación de los cuatro grandes actores del drama: los amerindios en sus sociedades comunales de parentesco, sus jefaturas y sus formaciones tributarias; los europeos del capitalismo mercantil, comerciantes, prestamistas y corsarios; los españoles recién salidos de la Reconquista, conquistadores, frailes, funcionarios y colonos, así como los africanos que llegaron, a su pesar y en condición de esclavos, para tomar parte en la fundación de la nueva sociedad. Cada uno de ellos dejó una profunda marca en el proceso, aun cuando los pueblos originarios fueron siempre mayoría.
El segundo tomo está dedicado a la historia de la conquista propiamente dicha, no solamente como se ha acostumbrado en el pasado, en la conquista del imperio mexica, sino de todo el territorio y la población de lo que fue la Nueva España y luego el México independiente: El Anáhuac con su centro vital en Tenochtitlan; el Gran Septentrión, tierra de los guerreros chichimecas y el Sur-Sureste sede de mayas, zapotecas y mixtecos que presentaron una resistencia pertinaz a la invasión. De esa mirada surge la imagen de una conquista sin fin, con rasgos y duraciones muy diferentes en el Centro, el Norte y el Sur. La forma que tomó la conquista de la Nueva España determinó la extinción de muchos pueblos originarios. Guerras mortíferas, epidemias mortales, formas de explotación extremas y aniquilamiento de culturas y religiones que aún marcan a nuestra sociedad actual.