La Conquista, catástrofe de los pueblos originarios es un nuevo enfoque de la conquista y la fundación de lo que fue la Nueva España. La considera parte de la historia universal en sus causas y efectos. El primer tomo del libro está dedicado a la presentación de los cuatro grandes actores del drama: los amerindios en sus sociedades comunales de parentesco, sus jefaturas y sus formaciones tributarias; los europeos del capitalismo mercantil, comerciantes, prestamistas y corsarios; los españoles recién salidos de la Reconquista, conquistadores, frailes, funcionarios y colonos, así como los africanos que llegaron, a su pesar y en condición de esclavos, para tomar parte en la fundación de la nueva sociedad. Cada uno de ellos dejó una profunda marca en el proceso, aun cuando los pueblos originarios fueron siempre mayoría. El segundo tomo está dedicado a la historia de la conquista propiamente dicha, no solamente como se ha acostumbrado en el pasado, en la conquista del imperio mexica, sino de todo el territorio y la población de lo que fue la Nueva España y luego el México independiente: El Anáhuac con su centro vital en Tenochtitlan; el Gran Septentrión, tierra de los guerreros chichimecas y el Sur-Sureste sede de mayas, zapotecas y mixtecos que presentaron una resistencia pertinaz a la invasión. De esa mirada surge la imagen de una conquista sin fin, con rasgos y duraciones muy diferentes en el Centro, el Norte y el Sur. La forma que tomó la conquista de la Nueva España determinó la extinción de muchos pueblos originarios. Guerras mortíferas, epidemias mortales, formas de explotación extremas y aniquilamiento de culturas y religiones que aún marcan a nuestra sociedad actual.

El zapatismo ha sido uno de los movimientos sociales más importantes en la historia de México. Su líder, Emiliano Zapata, uno de los personajes centrales de la Revolución mexicana, es asimismo uno de los mexicanos más reconocidos a nivel internacional, símbolo del agrarismo, de la lucha por la tierra, la libertad y la justicia. El zapatismo fue el movimiento más radical de la Revolución. Fue decisivo para que ésta no fuera un simple cambio de gobierno, sino para que fuera una verdadera transformación, un cambio en las estructuras económicas, políticas, sociales y culturales del país. Llevó a cabo la más amplia y profunda reforma agraria en la historia nacional, en la que los pueblos y comunidades recuperaron sus tierras y las defendieron con las armas en la mano. Hizo también algunas de las propuestas políticas más radicales: el parlamentarismo, el referéndum, la revocación de mandato, una estricta moralidad de los funcionarios públicos, la primacía de la sociedad civil sobre el gobierno, la supresión del ejército permanente y su sustitución por el pueblo en armas, así como un gobierno al servicio de la gente, que mandara obedeciendo. La radicalidad y la persistencia del zapatismo se explican, en buena medida, porque Zapata encarnaba una lucha y una resistencia centenarias de los pueblos de Morelos por defender sus tierras y exigir justicia. La historia de Zapata es la historia de su pueblo, Anenecuilco, y es también la historia de los pueblos originarios y mestizos del centro-sur del país por sobrevivir y vivir con libertad.